Les entreprises qui réalisent des opérations de recherche peuvent bénéficier, par année civile, d’un crédit d’impôt égal, en principe, à 30 % de la fraction des dépenses éligibles n’excédant pas 100 M€ (5 % au-delà). Les opérations d’innovation effectuées par les PME peuvent ouvrir droit, quant à elles, à un crédit d’impôt égal, en principe, à 20 % des dépenses éligibles, retenues dans la limite globale de 400 000 € par an.

En pratique, le crédit d’impôt recherche (CIR), de même que le crédit d’impôt innovation (CII), est imputé, sans limitation, sur l’impôt sur les bénéfices dû par l’entreprise au titre de l’année de réalisation des dépenses considérées. L’excédent de crédit d’impôt qui n’a pas pu être imputé constitue une créance sur l’État au profit de l’entreprise. Créance qui peut être utilisée pour le paiement de l’impôt dû au titre des 3 années suivantes. La fraction non utilisée à l’issue de cette période étant remboursée, sur demande. Toutefois, certaines entreprises peuvent bénéficier d’un remboursement immédiat de leur créance de CIR, notamment les PME (effectif < 250 salariés et chiffre d’affaires < 50 M€ ou total du bilan < 43 M€).

À noter : peuvent également demander cette restitution immédiate les entreprises nouvelles, les jeunes entreprises innovantes et les entreprises ayant fait l’objet d’une procédure de conciliation ou de sauvegarde, d’un redressement ou d’une liquidation judiciaire.

À ce titre, la question s’est posée de savoir si ce droit au remboursement immédiat revêt un caractère obligatoire ?

Non, ont répondu les juges de la Cour administrative d’appel de Toulouse. Selon eux, une PME a le choix et peut donc soit solliciter le remboursement immédiat de sa créance de CIR, soit faire une demande de remboursement à l’expiration de la période d’imputation de 4 ans, comme les autres entreprises.

Prudence : cette solution étant inédite, une confirmation par le Conseil d’État est vivement attendue afin d’en sécuriser l’application.

Cour administrative d’appel de Toulouse, 5 juin 2025, n° 23TL02231

Initialement prévue à compter du 1er juillet 2024, l’entrée en vigueur de la réforme rendant obligatoire la facturation électronique a été reportée à 2026. Une bonne occasion, en ce début d’année, de refaire un point.

Quelles sont les obligations ?

La réforme couvre, en réalité, deux grands volets. D’abord, l’obligation d’adopter la facturation électronique (dite « e-invoicing ») pour les opérations de vente de biens et/ou de prestations de services réalisées entre professionnels, assujettis à la TVA, en France. Puis, à titre complémentaire, l’obligation de reporting électronique (dit « e-reporting ») pour les transactions intervenant avec des personnes non assujetties à la TVA ou avec des opérateurs établis à l’étranger.

Qui est concerné ?

Sont concernées par l’obligation de facturation électronique et de e-reporting toutes les entreprises, personnes physiques ou morales, assujetties à la TVA et établies en France (auto-entrepreneurs compris).

Précision : les entreprises qui réaliseront certaines opérations exonérées de TVA (domaine de la santé, notamment) ne seront pas tenues d’émettre des factures électroniques, ni d’effectuer un e-reporting, mais elles devront pouvoir recevoir des factures électroniques.

Quel est le calendrier ?

Le calendrier se décline en deux étapes. Première étape : toutes les entreprises devront être en capacité de recevoir des factures électroniques à compter du 1er septembre 2026.

Seconde étape : les entreprises devront émettre des factures électroniques et procéder à un e-reporting dès le 1er septembre 2026 pour les ETI et les grandes entreprises, puis à compter du 1er septembre 2027 pour les TPE/PME (< 250 salariés et CA < 50 M€ ou total bilan < 43 M€).

Quel est le fonctionnement ?

Pour recevoir ou émettre une facture électronique ou pour réaliser un e-reporting, les entreprises doivent passer par une plate-forme agréée (PA), qu’elles doivent choisir. Cet opérateur privé garantit la transmission des factures et la communication des données à l’administration fiscale.

À noter : la facture électronique n’est pas qu’un simple PDF ! Il s’agit d’un fichier électronique structuré qui permet une analyse automatisée de son contenu. Elle doit donc être éditée dans un format autorisé par la loi (UBL, CII ou mixte).

À l’occasion du contrôle des déclarations et des actes servant à l’établissement des impôts dont les entreprises sont redevables, l’administration fiscale peut corriger les omissions, les insuffisances ou les erreurs qu’elle constate. Ce droit de rectification est toutefois enfermé dans un certain délai, appelé délai de reprise ou de prescription, à l’expiration duquel elle ne peut plus réclamer les impôts dus au titre de la période concernée.

Ce délai est, en principe, fixé à 3 ans. Ainsi, il se prescrit le 31 décembre de la 3e année suivant celle au titre de laquelle l’imposition est due en matière d’impôt sur le revenu, d’impôt sur les sociétés, de cotisation foncière des entreprises (CFE) et de cotisation sur la valeur ajoutée des entreprises (CVAE). De même, la prescription est acquise pour la TVA à la fin de la 3e année suivant celle au titre de laquelle la taxe est devenue exigible. Ainsi, notamment, l’impôt sur les revenus de 2022, déclarés en 2023, sera prescrit au 31 décembre 2025, tout comme la TVA portant sur les opérations réalisées en 2022 par une entreprise qui clôture son exercice avec l’année civile ainsi que les cotisations 2022 de CFE et de CVAE.

À noter : pour les entreprises dont l’exercice ne coïncide pas avec l’année civile, l’administration peut, jusqu’au 31 décembre 2025, exercer son droit de reprise à l’égard des opérations réalisées depuis l’ouverture de l’exercice 2021-2022.

En revanche, la taxe foncière n’est pas soumise à la prescription triennale mais bénéficie, au contraire, d’une prescription courte, qui s’éteint au 31 décembre de l’année qui suit celle au titre de laquelle l’imposition est due. La taxe 2024 sera donc prescrite au 31 décembre 2025.

Enfin, sachez que la notification d’une proposition de redressement avant l’expiration du délai de reprise a pour effet d’interrompre la prescription et d’ouvrir un nouveau délai à l’administration, de même durée que celui interrompu, pour réclamer l’imposition omise. L’interruption de la prescription s’applique dans la limite du montant des redressements envisagés.

Exemple : une proposition de rectification notifiée en novembre 2025 au titre de l’impôt sur le revenu 2022 permet à l’administration d’exiger les droits omis jusqu’au 31 décembre 2028.

La subvention reçue par une association qui constitue, en réalité, la contrepartie d’une prestation de services rendue à l’organisme qui la verse doit être soumise à la TVA. Il s’agit, en effet, du prix payé pour le service rendu.

Ainsi, dans une affaire récente, les subventions versées à une association par l’agence de l’environnement et de la maîtrise de l’énergie (ADEME) avaient, à la suite d’une vérification de comptabilité, été considérées comme la contrepartie de prestations de services et donc soumises à la TVA. Une décision contestée en justice par l’association.

Saisie du litige, la Cour administrative d’appel de Paris a relevé que l’association avait conclu avec l’ADEME une convention de financement pour des missions d’accompagnement du programme « PACTE Eau chaude sanitaire » et que, dans ce cadre, l’association devait remplir « cinq volets » qui comportait tous une prestation « livrable » à l’ADEME (rapport d’étude, référentiel, bulletin semestriel, rapport de synthèse…). Elle a également noté que l’annexe financière précisait le coût total de l’opération pour l’association, ainsi que le détail des dépenses éligibles à l’aide financière objet de la convention, évalué en fonction du nombre de jours prévus pour chaque tâche et du coût journalier des personnels mobilisés, en plus de prévoir que l’aide serait versée par tranche, au fur et à mesure de la présentation par l’association d’un état récapitulatif attestant de l’exécution des dépenses éligibles.

Au vu de ces éléments, la Cour administrative d’appel de Paris a considéré que la subvention versée par l’ADEME à l’association concernait en réalité la contrepartie de prestations de services individualisées ayant un div direct avec les avantages retirés par l’ADEME. En outre, elle a relevé que ce versement était subordonné à la réalisation des prestations que l’association s’était engagées à fournir.

Elle en a conclu que les sommes perçues par l’association devaient être soumises à la TVA.

Cour administrative d’appel de Paris, 8 octobre 2025, n° 24PA03175

En principe, les entreprises soumises à l’impôt sur les sociétés peuvent imputer leurs déficits sur les bénéfices des prochains exercices. Un report en avant des déficits qui s’effectue sans limitation de durée. Dans ce cadre, le déficit est toutefois imputé dans la limite de 1 M€, augmenté de la moitié du bénéfice qui dépasse ce montant. Et si une part de déficit ne peut être déduite du fait de ce plafonnement, celle-ci reste reportable en avant, elle aussi sans limite de temps.

Précision : sur option, ces entreprises peuvent choisir de reporter en arrière le déficit d’un exercice sur le bénéfice de l’exercice précédent. Ce « carry-back » ne peut jouer que dans la limite de la fraction non distribuée de ce bénéfice et d’un montant de 1 M€. Quant à la fraction de déficit qui excède le bénéfice du dernier exercice ou la somme de 1 M€, elle demeure reportable en avant sans limitation de durée.

Un ordre chronologique d’imputation

Le Conseil d’État vient de juger que les déficits reportés en avant doivent être imputés sur les premiers résultats bénéficiaires par ordre chronologique, en commençant par le déficit le plus ancien. Les juges ont ainsi donné tort à l’administration fiscale qui considérait que les déficits antérieurs constituaient un ensemble indistinct et pouvaient donc être imputés indifféremment sur les exercices bénéficiaires suivants.

Important : les entreprises doivent être en mesure de justifier l’existence et le montant des déficits qu’elles imputent ainsi que, désormais, leur origine et leur millésime d’imputation selon un ordre chronologique.

Les conséquences sur le contrôle de l’administration

L’administration fiscale ne peut contrôler les comptes d’une société lorsqu’ils sont prescrits, c’est-à-dire lorsqu’un certain temps s’est écoulé. En matière d’impôt sur les sociétés, la prescription est, en principe, acquise à la fin de la 3e année qui suit celle au titre de laquelle l’imposition est due. Mais lorsqu’elle vérifie un exercice non prescrit, l’administration peut pourtant aller contrôler et éventuellement rectifier les déficits nés d’exercices prescrits lorsqu’ils ont été imputés sur le bénéfice de cet exercice.

Précision : elle peut aussi contrôler les déficits nés d’exercices prescrits sans attendre leur imputation lorsqu’ils ont été reportés faute de résultat bénéficiaire.

Toutefois, du fait de la consécration par le Conseil d’État de l’imputation par ordre chronologique des déficits antérieurs, l’administration ne peut plus contrôler ni rectifier des déficits nés d’exercices prescrits entièrement imputés sur les résultats bénéficiaires d’exercices prescrits. En revanche, elle conserve ce droit en cas d’imputation partielle, dans la limite du seul reliquat de déficit non imputé.

Illustration

Dans cette affaire, une société avait été déficitaire de 2006 à 2009 avant de redevenir bénéficiaire à partir de 2010.

À l’issue de la vérification de comptabilité de cette société portant sur ses exercices 2013 et 2014, l’administration fiscale avait remis en cause le montant des déficits constatés en 2007 et 2008. Selon elle, les déficits, nés d’exercices prescrits, ayant, pour partie, été imputés sur les bénéfices des exercices 2013 et 2014, non prescrits, elle pouvait en contrôler le montant.

Pour contester ce redressement, la société soutenait qu’elle avait imputé ses déficits antérieurs dans l’ordre chronologique, en commençant par le plus ancien. Ainsi, elle avait majoritairement imputé ses déficits reportés en avant sur les exercices 2010 à 2012, également prescrits. Pour la société, ces déficits ne pouvaient donc pas, au moins en partie, être contestés par l’administration.

Une analyse qui a été retenue par le Conseil d’État.

Conseil d’État, 14 novembre 2025, n° 493824

À compter de la présentation d’une réclamation fiscale, l’administration doit vous répondre dans un délai de 6 mois. Ce délai pouvant être porté à 9 mois, sous réserve que cette dernière vous en informe. À défaut de réponse dans ce délai, l’administration est considérée comme ayant rejeté implicitement votre demande.

À ce titre, en cas de rejet total ou partiel de votre réclamation, la décision de l’administration doit notamment comporter la mention des voies et délais de recours à votre disposition. En effet, si la décision de l’administration ne vous convient pas, vous pouvez la contester en justice dans un délai de 2 mois à compter de sa notification. Sachant que lorsque la décision de rejet ne mentionne pas ces voies et délais de recours, vous disposez d’un délai raisonnable, fixé à 1 an maximum, sauf exceptions, pour saisir le juge.

À savoir : aucun délai ne s’impose à vous en cas de rejet implicite de votre réclamation tant que l’administration ne vous a pas notifié une décision expresse de rejet de votre réclamation.

Et attention, ces délais de saisine du juge s’appliquent également au contribuable lorsque le rejet de sa réclamation est formalisé dans une proposition de redressement, vient de préciser le Conseil d’État, dès lors que l’existence de la décision expresse de rejet ressort sans ambiguïté de ce document. Ce qui était le cas dans cette affaire, ont estimé les juges, puisque l’administration fiscale avait notifié l’annulation d’un crédit de TVA dans une proposition de redressement qui faisait suite à une vérification de comptabilité diligentée pour contrôler la demande de remboursement de ce crédit.

Précision : cette solution devrait s’appliquer plus largement aux demandes de remboursement de créances fiscales (crédit d’impôt recherche, report en arrière des déficits…) faisant l’objet d’une décision de rejet d’une réclamation fiscale au sein d’une proposition de redressement.

Conseil d’État, 14 novembre 2025, n° 498880

Les dons, y compris l’abandon exprès de revenus ou de produits, consentis par les contribuables au profit de certains organismes d’intérêt général ouvrent droit à une réduction d’impôt sur le revenu.

À noter : sont notamment visées les associations ayant un caractère philanthropique, éducatif, scientifique, social, humanitaire, sportif, familial, culturel, ou concourant à l’égalité entre les femmes et les hommes, à la mise en valeur du patrimoine artistique, à la défense de l’environnement naturel ou à la diffusion de la culture, de la langue et des connaissances scientifiques françaises.

Cependant, cet avantage fiscal s’applique aux seuls dons réalisés à titre privé et non aux versements effectués par les exploitants individuels dans le cadre de leur activité, ont récemment rappelé les juges de la Cour administrative d’appel de Nantes.

Dans cette affaire, un masseur-kinésithérapeute-ostéopathe avait dispensé des prestations de soins gratuites auprès d’associations sportives. Estimant avoir consenti ces dons à titre non professionnel, le kinésithérapeute avait bénéficié de la réduction d’impôt des particuliers. À tort, selon l’administration fiscale, et aussi selon les juges qui ont relevé, d’après les propres écritures du kinésithérapeute, que ces abandons de recettes avaient été effectués en contrepartie de la publicité et du gain d’image que lui avait procurés son intervention auprès des clubs sportifs. Ces abandons de recettes concédés dans le cadre de son activité professionnelle ne pouvaient donc pas ouvrir droit à la réduction d’impôt pour dons des particuliers.

À savoir : ces abandons de recettes pouvaient, en revanche, relever de la réduction d’impôt mécénat d’entreprise.

Cour administrative d’appel de Nantes, 21 octobre 2025, n° 24NT03466

Les plus-values professionnelles réalisées lors de la transmission, à titre gratuit ou onéreux, d’une entreprise individuelle relevant de l’impôt sur le revenu ou d’une branche complète d’activité peuvent, à certaines conditions et sur option, être exonérées en fonction de la valeur des éléments cédés. L’exonération est totale lorsque cette valeur est inférieure à 500 000 € ; elle est partielle et dégressive si elle est comprise entre 500 000 € et 1 M€.

À noter : en cas de cession d’entreprises agricoles à de jeunes agriculteurs, à savoir ceux bénéficiant d’aides à l’installation, la limite est portée de 500 000 à 700 000 € pour une exonération totale et de 1 à 1,2 M€ pour une exonération partielle.

Pour apprécier ces limites d’application, la question s’est posée en justice de savoir si la cession simultanée des deux établissements d’un fonds artisanal à un même cessionnaire constituait une transmission de deux branches complètes d’activité distinctes.

Non, a tranché le Conseil d’État. Dans cette affaire, un couple avait cédé à une SARL, par deux actes notariés du même jour, un fonds artisanal de commerce de fleurs constitué d’un établissement principal et d’un établissement secondaire situés dans deux communes différentes. Estimant avoir transmis deux branches complètes d’activité distinctes, ce couple avait placé la plus-value de chacune d’elle sous le régime de l’exonération totale compte tenu de la valeur de chaque établissement. Une analyse remise en cause par l’administration fiscale au motif que ces cessions constituaient une transmission unique d’entreprise individuelle dont la valeur totale ouvrait droit seulement à une exonération partielle. Et ce redressement a été confirmé par les juges qui ont constaté que les établissements étaient exploités sous la même enseigne et étaient enregistrés au registre du commerce et des sociétés sous le même numéro Siren.

Conseil d’État, 3 octobre 2025, n° 501157


Cour administrative d’appel de Lyon, 5 décembre 2024, n° 24LY00398